بدأت العلاقات المصرية الماليزية في الثلاثينيات من القرن العشرين من خلال قدوم طلاب ماليزيا لتلقي العلم في الأزهر الشريف .

 تم تبادل التمثيل الدبلوماسي الكامل معها 1959 وقامت حكومة الاتحاد الماليزي بتعيين سفير لها في القاهرة 1960 .

 تم تقديم وشاح التماسك – وهو أرفع وشاح في اتحاد ماليزيا – إلى الرئيس الراحل جمال عبد الناصر في يناير 1964

 اختارت حكومة ماليزيا سفارة مصر في ماليزيا لتقوم برعاية مصالح اندونيسيا في اتحاد ماليزيا ؛وذلك في فترة قطع العلاقات بين البلدين بسبب معارضة اندونيسيا لقيام اتحاد ماليزيا .

 ساندت الحكومة الماليزية مصر في مشكلة تجميد عضويتها في منظمة المؤتمر الإسلامي ، ففي المؤتمر الصحفي الذي عقده نائب رئيس وزراء ماليزيا أثناء زيارته لمصر عام 1982 أعلن أن بلاده مهتمة بعودة مصر إلى عضوية منظمة المؤتمر الإسلامي  (الاسم الحالي منظمة التعاون الإسلامي) استناداً إلى أن مصر دولة إسلامية ودولة مؤسسة لمنظمة للمؤتمر الإسلامي.

 توجد جالية مصرية في ماليزيا عددها محدود للغاية لا يتعدى 500 شخص ، هم أساتذة الجامعات والمبعوثين الذين أوفدهم الأزهر لماليزيا .

  تحتفظ مصر مع ماليزيا بعلاقات سياسية جيدة. وقد قام الرئيس الأسبق  مبارك نائب رئيس الجمهورية آنذاك بزيارة رسمية إلى ماليزيا عام 1979؛ كما قام السيد مهاتير محمد رئيس الوزراء الماليزي بزيارة عمل إلى مصر فى 2003.

 تم إنشاء الرابطة الماليزية فى مصر عام 1930 وأنشئت السفارة الماليزية عام 1960. وقد كان مقر الرابطة منحة من الرئيس المصرى الراحل جمال عبد الناصر فى 1959؛ وقد ازدادت زيارات العمل من الجانبين خلال العقود السابقة إلى جانب المشاركة فى المنتديات والمؤتمرات التى تعقد فى البلدين.

 تتبنى مصر وماليزيا العديد من وجهات النظر المشتركة على الصعيد الدولي وفى المحافل متعددة الأطراف ؛حيث أنهما عضوان فى منظمة التعاون الإسلامي وحركة عدم الانحياز والأمم المتحدة مما يدعم التعاون بين البلدين وبين كل منهما والدول الأخرى الأعضاء، مما يسهم فى إيجاد الحلول للمشكلات العالمية وإرساء قواعد مشتركة لدعم السلام فى العلاقات.

 تشترك مصر وماليزيا فى وجهات النظر حول القضايا العالمية مثل حقوق الإنسان وقضايا البيئة وظاهرة الإرهاب وقضايا اللاجئين وإرساء الديمقراطية. كما أن مصر وماليزيا تتبنيان رؤية مشتركة حول كون الأمم المتحدة المنظمة الدولية المعنية بقضايا التنمية العالمية والسلام والأمن الدوليين ومحاور النشاط فى المجالات الإنسانية والأزمات العالمية وتحرى حالات انتهاك ميثاق الأمم المتحدة ومبادئ القانون الدولي.

 والتباحث حول سبل دعم التعاون المشترك بين البلدين الصديقين، في ضوء ما يجمع بينهما من روابط تاريخية وعلاقات ثنائية متميزة، وجهود التعاون في المجالات الثقافية والسياحية والتعليمية، وتعزيز العلاقات الاقتصادية والتبادل التجاري، وزيادة الاستثمارات المشتركة في قطاعات الطاقة، والاتصالات وتكنولوجيا المعلومات، وصناعة السيارات، وغيرها من المجالات التي تسهم في تعظيم الاستفادة من المزايا النسبية لكل دولة، وتحقيق التكامل الاقتصادي والتنمية الشاملة

 وتبادل الرؤى بشأن أبرز الموضوعات الإقليمية والدولية ذات الاهتمام المشترك، وسبل تحقيق الأمن والاستقرار في منطقة الشرق الأوسط وعلى المستوى الدولي، في ضوء ما يشهده العالم من تحديات كبرى وأهمية مواصلة التنسيق والتشاور في المحافل الدولية، للتعامل مع القضايا المختلفة ومن بينها مكافحة الإرهاب والتطرف على جميع المستويات، بما في ذلك الفكرية والثقافية.

مصر تتطلع إلى عقد اتفاق مشترك بين وزارتي المالية في البلدين لمناقشة شؤون المالية العامة وتبادل الخبرات بشكل دوري، ومناقشة الأوضاع الاقتصادية، وبحث ودراسة اتفاقية الازدواج الضريبي بين البلدين وإعادة تحديثها.

وضرورة مضاعفة الاستثمارات في القطاعات الواعدة بالدولتين، ومنها قطاع البترول والغاز والمعدات الطبية، والاتصالات وتكنولوجيا المعلومات، فضلا عن توطين صناعة السيارات الكهربائية "عبر منح حوافز مميزة لتطوير هذا القطاع والتشجيع على التحول لاستخدام طاقة نظيفة صديقة للبيئة".

شدد الرئيس عبدالفتاح السيسي ورئيس الوزراء الماليزي أنور إبراهيم،  على خطورة أي تحركات عسكرية إضافية لما سيكون لها من عواقب كارثية على المأساة الإنسانية في غزة وأهمية اضطلاع المجتمع الدولي بمسئولياته القانونية والإنسانية والسياسية تجاه الدفع بجدية نحو الوقف الفوري لإطلاق النار، وتفعيل حل الدولتين، بحيث يمكن تجنب زيادة عوامل التوتر واتساع نطاق الصراع في المنطقة.

والجهود المصرية لوقف إطلاق النار وإنفاذ المساعدات الإنسانية؛ إلى قطاع غزة وحقن دماء الشعب الفلسطيني وإرساء السلام في المنطقة.