تُشن الحرب الحالية على الإرهاب اسميًا ضد التطرف الإسلامي. بدأت فكرة تعرض الإسلام لهجوم من الغرب بشخصية غامضة من القرن التاسع عشر، جمال الدين الأفغاني، الذي لا يُعرف مكان ميلاده واسمه الحقيقي على وجه اليقين. وُلد الأفغاني عام 1838 أو 1839، ربما في إيران اليوم،وشاهد الأراضي الإسلامية تسقط بلا حول ولا قوة تحت الهيمنة العسكرية والثقافية والمالية للأوروبيين. كان يعتقد أن خلق وعي إسلامي شامل هو وحده القادر على عكس هذا الوضع.

لم يرفض الأفغاني التقدم المادي الغربي ولم يُبدِ أي اهتمام يُذكر باللاهوت. اعتقد البعض أنه بدا أكثر انسجامًا مع أوروبا منه مع الشرق الأوسط. في عام 1868، التحق الأفغاني بمحفل ماسوني في مصر. ثم شكل لاحقًا محفله الخاص وترأسه بنفسه. كان الأفغاني ينتمي أيضًا إلى طائفة غامضة واحدة على الأقل، تُسمى جماعة الأقصر الهرمسية، والتي كانت لها صلات غامضة بالروزيكروسيان الأوروبيين. يشتبه البعض أيضًا في أن الأفغاني كان جاسوسًا بريطانيًا؛ وحقيقة أنه استقر في العاصمة العثمانية القسطنطينية عام 1892 تحت الحصانة الدبلوماسية البريطانية أمر مثير للفضول حقًا.

من بين أمور أخرى، جادل الأفغاني بأن المسلمين بحاجة إلى الإطاحة بالحكام الفاسدين. في عام 1896، اغتال أحد أتباعه شاه بلاد فارس غير المحبوب، ناصر الدين. وبالتالي، يعتقد البعض أن مهمة الأفغاني الحقيقية في القسطنطينية كانت التحريض على المزيد من عدم الاستقرار في جميع أنحاء الشرق الإسلامي.

قد يبدو أن هناك صلة ضئيلة بين الثوار والمحاربين المقدسين، ولكن هناك تشابه مهم واحد: جميع الإرهابيين يبررون أفعالهم بأنها دفاعية. بالنسبة للثوري، هو دفاع ضد دولة قمعية. أما بالنسبة للجهادي، فهو دفاع عن الإسلام ضد الكفار والمادية الملحدة.

وسواء أكان ذلك مصادفة أم لا، فقد تشكلت جمعيات ثورية داخل محافل ماسونية مثل تلك التي يديرها الأفغاني. ومن بين هذه الجمعيات، جماعة تركيا الفتاة، التي أجبرت السلطان العثماني عبد الحميد على التنازل عن العرش عام ١٩٠٩. وتحت سيطرة عصابة تركيا الفتاة، انحطت الحكومة العثمانية إلى ديكتاتورية عسكرية إبادة جماعية، مما أدى إلى مزيد من عدم الاستقرار. في عشرينيات القرن الماضي، ألهمت رؤية الأفغاني الإسلامية الجامعة حسن البنا ؛الذي شكل عام ١٩٢٨، هو وحفنة من أتباعه جماعة الإخوان المسلمين. ولم تكن جمعية سرية في ذلك الوقت؛ ظاهريًا، كانت جماعة الإخوان المسلمين تدعو إلى الإصلاح السلمي. لكن البنا أنشأ منظمة سرية مسلحة داخل الحركة. في أواخر الثلاثينيات، ساعدت تلك الخلية في انتفاضة مناهضة للبريطانيين والصهيونية في فلسطين بالمال والمتطوعين. وفعلت الشيء نفسه خلال الحرب العربية الإسرائيلية الأولى عام 1948. كما خطط البنا أيضًا للإطاحة بالنظام الملكي المصري، الذي اعتبره أداة للإمبريالية الغربية. تم اكتشاف هذه المؤامرة من قبل جمعية الملك فاروق السرية، الحرس الحديدي.

 في عام 1948، حظر رئيس وزراء فاروق، محمود النقراشي، جماعة الإخوان المسلمين. لم يدمر ذلك الإخوان، ولكنه حولهم إلى جمعية سرية. ردًا على ذلك، اغتال الإخوان النقراشي. ، قتل الحرس الحديدي البنا.